IMO both terms are identical in meaning, see for example:

http://gateway.nlm.nih.gov/MeetingAbstracts/102260011.html

But you have to consider "prolonged release" as part of a trade name, e.g. Glucophage:
http://emc.medicines.org.uk/emc/assets/c/html/displaydoc.asp...

In this case you have to use prolonged instead of extended.

HTH

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Note added at 1 hr (2007-06-19 03:37:58 GMT)
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See also http://www.i-base.info/pdf/htbvol4/htb4-1jan03.pdf (page 16, right column, bottom paragraph).

So XR and PRC (in tradenames) will be used differently for stavudine in the UK or US, but it's one and the same pharmaceutical form.

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Note added at 1 day7 hrs (2007-06-20 09:46:46 GMT)
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Es muss also wohl einen Grund dafür geben, warum in prolonged release geändert wurde (kann ich mir nur vorstellen aufgrund von Besonderheiten des Produkts, um das es hier geht - weiß nur margarete - s. die i-base.info-Seite oben!).

Was aber die Umsetzung im Deutschen angeht:
Ich sehe überhaupt keinen Grund, hier Retardfom --> Depotform zu ändern. Ist doch an sich eine reine Geschmackfrage bzw. die Frage, ob ich mit Depot nicht eher etwas Bestimmtes verbinde, eine Injektion 1-mal pro Woche oder 1-mal pro Monat, und dann ist erst mal wieder Ruhe (s. Pat. mit Psychose, die Neuroleptika in dieser Form erhalten, um eine Non-Compliance zu vermeiden).

Wenn ich das Arzneimittel und seine Galenik an sich sehe, dann sage ich auf jeden Fall "retard" hinter dem Produktnamen oder Retardform oder retardiert.
Daneben gibt es auch Produkte, die hinter dem Namen "Depot" stehen haben, dass ist dann aber wieder Teil des Handelsnamens!)